Er war einer der politisch aktivsten Theologen des 20. Jahrhunderts und Widerstandskämpfer gegen das Nazi-Regime. Nach der Verhaftung von Martin Niemöller 1937 war er dessen Nachfolger in der Dahlemer Gemeinde in Berlin. Auch Helmut Gollwitzer wurde im selben Jahr für sieben Wochen inhaftiert. 1940 wurde er mit dem Reichsredeverbot belegt und aus Berlin ausgewiesen, kurz darauf zog man ihn zum Wehrdienst ein. Seine Erfahrungsberichte aus der russischen Kriegsgefangenschaft veröffentlichte er 1950 unter dem Titel „... und führen, wohin du nicht willst“.
Helmut Gollwitzer hielt die Trauerrede für den von Polizisten erschossenen Studenten Benno Ohnesorg und beherbergte die Familie Dutschke in seiner Berliner Wohnung, 1979 hielt er die Trauerrede für Rudi Dutschke. Er war ein enger Freund des Bundespräsidenten Gustav Heinemann, dessen Trauerrede er ebenfalls hielt.
Zeit seines Lebens war Helmut Gollwitzer öffentlich politisch engagiert und war stets der Ansicht, dass Theologie „in die Weite des Lebens führt“. Noch 1983, im Alter von 75 Jahren, nahm er an der Blockade von Mutlangen teil und wurde wegen Nötigung verurteilt.

"Grabmal Helmut Gollwitzer" auf dem St. Annen-Friedhof in Berlin-Dahlem

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